Ispmanager 4 в Debian не выставляет session.gc_probability из-за чего происходит переполнение папки с сессиями. По причине того, что в debian удаление старых сессий идет через crontab задание, которое ничего «не знает» про размещение сессий в домашних каталогах пользователей.
Решение:
echo "session.gc_probability = 1" > /etc/php5/conf.d/fix.ini